नेपालमा पाइने वानस्पतिक स्रोतको विविधताको अन्वेषण, संकलन, पहिचान, नमूनाहरुको संरक्षण, अध्ययन, अनुसन्धान र तिनीहरुको स्वस्थानीय वा परस्थानीय संरक्षण र व्यवस्थापन गर्ने, तिनमा विद्यमान रसायनिक तत्वहरुको अध्ययन अनुसन्धान विश्लेषण, दिगो उपयोग, आयमूलक खेती प्रवर्द्धन गरी रोजगार सृजना गर्ने तथा औद्योगिकीकरणको लागि परामर्श सेवा प्रदान गरी देशको आर्थिक विकासमा टेवा पुर्याउन र सामाजिक अवस्था उकास्न मद्दत गर्ने यस विभागको मुख्य उद्देश्य रहेको छ।
- वनस्पति संरक्षण र अनुसन्धानसम्बन्धी अन्तर्राष्ट्रिय सन्धि, सम्झौता एवम् प्रतिबद्धताको कार्यान्वयन गर्ने एवम् सरोकारवालासँग समन्वय गर्ने।
- नेपालका वनस्पति विविधताको सर्वेक्षण, संकलन, संग्रह तथा अध्ययन अनुसन्धान गर्ने।
- नेपालमा पाइने वानस्पतिक आनुवशिंक स्रोतको संरक्षण गर्ने।
- नेपालमा पाइने वनस्पति प्रजातिको अभिलेखिकरण गरी नेपाल फ्लोरा प्रकाशन गर्ने।
- राष्ट्रियस्तरका वनस्पति उद्यान, हर्वेरियम र प्रयोगशालाको व्यवस्थापन गर्ने।
- वनस्पतिको पहिचान तथा अभिलेखिकरणसम्बन्धी राष्ट्रियस्तरको नीति, निर्देशिका, मापदण्ड तयार गर्ने।
- वनस्पतिहरुको रासायनिक परीक्षण, विश्लेषण, प्रमाणीकरण, गुणस्तर निर्धारण तथा व्यापार सहजिकरण गर्ने।
- जडीबुटी तथा गैरकाष्ठ वन पैदावारको संरक्षण, अध्ययन, अनुसन्धान तथा प्रर्वद्घनको लागि कार्यहरु गर्ने।
- वनस्पति अनुसन्धान केन्द्र र वनस्पति प्रयोगशालाहरुको व्यवस्थापन गर्ने ।