वि.सं. १९९४ सालमा वनस्पति स्रोतको जर्गेना र प्रयोग गर्ने हेतुले वनस्पति फाँट र वनस्पति गोश्वाराको स्थापना भए पश्चात वनस्पति सम्पदाको सर्वेक्षण, पहिचान, प्रविधि विकास, संरक्षण एवं सम्बर्द्घन तथा दिगो विकास गर्ने प्रमुख उद्देश्यले वि.सं. २०१६ सालमा भएको वनस्पति विभागको स्थापना भएको हो। विगतको संगठन संरचना वि.सं. २०५५ मा सामान्य हेरफेर भई वि.सं. २०५७ सालदेखि पुनःसञ्चालनमा आएको थियो ।पहिले वन तथा भू-संरक्षण मन्त्रालय अन्तर्गत रही आएकोमा हाल नेपालको संविधानले प्रत्याभूत गरेको संघीय संरचना अनुरुप यस विभागको संगठन संरचना परिमार्जन भई वन तथा वातावरण मन्त्रालय अन्तर्गत रही हाल सोही संरचना अन्तर्गत विभागका सम्पूर्ण तहका कर्मचारीहरु परिचालन गरी सफलतापूर्वक कार्य सञ्चालन हुदै आएको छ ।
नेपालमा पाईने वानस्पतिक स्रोतको विविधताको अध्ययन, अनुसन्धान, पहिचान, अभिलेखीकरण, रासायनिक विश्लेषण तथा प्रमाणीकरण, स्वस्थानीय तथा परस्थानीय संरक्षण, संवर्द्धन, प्रविधि विकास एवं प्रविधि हस्तान्तरण गर्ने मूल उद्देश्यले स्थापना भएको वनस्पति विभागले बहुआयामिक ढङ्गबाट वनस्पतिहरुको अध्ययन, अनुसन्धान, संवर्द्धन, प्रवर्दन गर्दै अगाडी बढ्ने प्रयास स्वरूप विभिन्न विधाका वैज्ञानिकहरुलाई जनशक्तिको रुपमा परिचालन गर्दै आईरहेकोछ र भविष्यमा वनस्पति स्रोतको सही सदुपयोग गरी यसलाई उत्पादनसँग जोडेर राज्यको कूल ग्राहस्थ उत्पादनमा केही मात्रामा भए पनि योगदान गर्न सक्ने गरी आफ्नो कार्यहरु अगाडि बढाइरहेको छ ।
मुख्यत वनस्पति विभागले नेपालमा भएका फूल फूल्ने र फूल नफूल्ने वनस्पतिहरुको अभिलेखिकरण गर्नको लागि नेपाल फ्लोराको रुपमा विभिन्न किसिमका प्रकाशनहरु गर्दै आईरहेको छ। जस्तैः फ्लोरा अफ रजनीकुञ्जबाट शुरु भएको वनस्पति स्रोतको अभिलेखिकरण फ्लोरा अफ काठमाण्डौ भ्याली, फ्लोरा अफ लाङटाङ्ग, फ्लोरा अफ फुलचोकी हुदै पछिल्लो समयमा आएर अन्य प्रादेशिक फ्लोराहरुको पनि प्रकाशन भइरहेको छ । पछिल्लो दशकमा आएर वनस्पति विभागले फूल नफूल्ने वनस्पतिहरुमा उन्यू, लेउहरुको पनि प्रकाशन शुरू गरिसकेको छ । अब हामीले ब्रायोफाइट, झ्याउ र च्याउहरुको अभिलेखिकरणमा काम अगाडि बढाउने जमर्को गरिरहेको छ ।
नेपालमा रहेका वनस्पति सम्पदालाई कसरी सदुपयोग गर्ने भन्ने बारेमा ती वनस्पतिहरुको औषधिय गुण, व्यवसायिक गुण र अन्य घरेलु प्रयोजन लगायत औद्योगिक प्रयोजनका गुणहरु के-के छन् भनेर पत्ता लगाउनको लागि वनस्पति विभागमा प्राकृतिक सम्पदा अनुसन्धानशालाको पनि स्थापना भएको छ । प्राकृतिक सम्पदा अनुसन्धानशाला र वनस्पति विभागमा भएका विभिन्न प्रयोगशालाहरुमा वनस्पतिहरू र तिनीहरुको गुण र दोषहरुको पहिचान गरिसके पछाडि अरु औषधीय गुण छ भने उपयोगी गुण छ भने तिनीहरुलाई व्यवसायिक रुपान्तरण र उपयोग कसरी गर्न सकिन्छ भन्ने अनुसन्धान पनि वनस्पति विभागले गर्दैछ ।
यसैगरी व्यवसायिक प्रयोजनमा लैजान सकिने औषधि र अन्य किसिमका जडीबुटीहरुको उत्पादन गर्नको लागि वनस्पति विभागका ७ वटा अनुसन्धान केन्द्रहरु मार्फत् जडीबुटीको बेर्नाहरुको उत्पादन, वितरण र व्यापक खेतीको कार्यक्रमहरु शुरु भएको छ । त्यस्तै गरेर कर्णाली प्रदेशलाई जडीबुटी Zone को रुपमा विकास गरी नेपाललाई चाहिने जडीबुटीहरुको कच्चा पदार्थ यही नेपालबाटै उत्पादन गर्न सकिने र जडीबुटीहरुको प्रशोधन गरिसकेर तिनीहरुको सारतत्वलाई विदेश लगेर निर्यात पनि गर्न सकिने सम्भावनाको ढोका खोल्नको लागि वनस्पति विभाग तत्पर छ । त्यसको लागि आफ्नो प्रयोगशालालाई ISO17025:2017 प्रमाणीकरण गरेर पनि काम अगाडि बढाइरहेको छ।
यसैगरी वनस्पति विभागले वि.सं. २०१७ सालतिर राष्ट्रिय वनस्पति उद्यान स्थापना गरेर वर्षेनी लाखौं विद्यार्थी, अनुसन्धानकर्ता र सम्पूर्ण जनसमुदायलाई सेवा दिदैँ आइरहेको छ । यस विभाग अन्तर्गत विभिन्न जिल्लाहरुमा रहेका वनस्पति उद्यानहरुले वनस्पतिहरुको स्वस्थानीय र परस्थानीय संरक्षणमा महत्वपूर्ण भूमिका निर्वाह गर्दै आईरहेको छ।